Además de las ideas de modos y de sustancias, tenemos ideas de relaciones, que resultan de referir una cosa a otra, o de comparar dos cosas entre sí, bien dándole un nombre a una de las cosas, o a ambas, (distinto al que tiene fuera de dicha comparación), o a la idea misma de la comparación establecida entre ellas. La relación, no obstante, no forma parte del existencia "real" de las cosas, sino que es algo sobreinducido, aunque no pueda ser contraria a la naturaleza de las cosas entre las que se da dicha relación, de lo que parece seguirse que las ideas de relaciones son puramente mentales.
Entre estas ideas están las ideas de causalidad e identidad. Respecto a la idea de causalidad, Locke entiende por causa aquello que produce una idea (simple o compleja) y por efecto, lo producido. ("Aquello que produce cualquier idea simple o compleja lo denotamos por el nombre general de causa; y aquello que es producido por el nombre de efecto", Ensayo, II, 26). Tanto la noción de causa como la de efecto proceden de la experiencia, es decir, de ideas recibidas por sensación o por reflexión; aunque la idea de causalidad, al ser una relación, es un producto de la mente, tienen, no obstante, un fundamento real en la capacidad que tienen la sustancias de afectar a otras, produciendo ideas en nuestra mente. La mejor prueba de tal capacidad no la encuentra Locke, sin embargo, en la experiencia externa, sino en la interna, donde podemos experimentar la capacidad de nuestra volición para comenzar, reprimir, continuar o finalizar actos de nuestra mente y/o de nuestro cuerpo.
No queda claro en la explicación de Locke, sin embargo, cómo la mente es capaz de captar la conexión necesaria entre la causa y el efecto, a no ser mediante el recurso a una certeza de la intuición, más cercana al racionalismo cartesiano que a los postulados empiristas de su propia filosofía, con los que resulta difícilmente conciliable tal explicación. No obstante, está convencido de la necesidad de ese nexo entre la causa y el efecto manteniéndose, en este punto, de acuerdo con uno de los postulados básicos de la metafísica tradicional.
En cuanto a la idea de identidad, remite a la existencia de algo en el mismo espacio y tiempo, existencia que debe ser continuada en el caso de los seres orgánicos, como el ser humano, en los que distintas células nacen y mueren constantemente, pudiendo entonces hablar del "mismos" ser cuando se produce una continuidad corporal, por lo que la idea de identidad procede totalmente del experiencia. ¿Qué ocurre entonces con los seres orgánicos pensantes? La identidad personal queda entonces identificada con la identidad de la conciencia, ("...en el tener conciencia reside la identidad personal", Ensayo, II, 27), que es inseparable del pensamiento. Si en dos momentos distintos tuviésemos dos conciencias distintas e inconmensurables entre sí, tendríamos que hablar de dos identidades, como ocurre cuando una persona cuerda pierde la razón, y como prueba la experiencia, ya que no atribuimos las acciones del cuerdo al loco y viceversa, sino que las consideramos realizadas por dos personas distintas.
